Wsparcie szpitali jednoimiennych - Narodowe Centrum Badań i Rozwoju
Samodzielny Publiczny Wojewódzki Szpital Zespolony w Szczecinie w konsorcjum z Pomorskim Uniwersytetem Medycznym w Szczecinie realizuje projekt pn.
Opracowanie nowoczesnych technologii laboratoryjnych, informatycznych i bioinformatycznych dedykowanych diagnostyce i prewencji zakażeń SARS CoV-2.
Kierownik projektu: prof. dr hab. n. med. Miłosz Parczewski
Projekt finansowany przez Narodowe Centrum Badań i Rozwoju w ramach programu pn.
„Wsparcie szpitali jednoimiennych w walce z rozprzestrzenianiem się zakażenia wirusem SARS-CoV-2 oraz w leczeniu COVID-19”.
Głównym celem Przedsięwzięcia jest wdrożenie metod prewencji rozprzestrzeniania się zakażenia lub zwalczania zakażenia wirusem SARS-CoV-2 lub choroby COVID-19 będącej przyczyną ogłoszenia stanu epidemii.
Ponadto Przedsięwzięcie ma na celu:
- Opracowanie terapii lekowych i nielekowych dedykowanych COVID-19 oraz schematów leczniczych i procedur medycznych;
- Opracowanie nowych rozwiązań i technologii w zakresie ograniczania rozprzestrzeniania się wirusa SARS-CoV-2 oraz diagnostyki COVID-19;
- Stworzenie odpowiednich narzędzi informatycznych do zbierania danych epidemiologicznych i terapeutycznych.
Kwota dofinansowania projektu: 7 916 806,78 PLN
Poziom dofinansowania: 100%
PRZEJDŹ DO ZADAŃ REALIZOWANYCH W RAMACH PROJEKTU:
- ZADANIE 1. > Optymalizacja procedury testowania molekularnego, opartego na technologii Real-Time PCR i powiązanie testów molekularnych z testami serologicznymi i immunologicznymi ze szczególnym uwzględnieniem sytuacji wykrywania w badaniach molekularnych wyłącznie fragmentów wirusa oraz jego wariantów.
- ZADANIE 2. > Opracowanie procedury badania immunologicznego (immunofenotypu) oraz przeciwciał przeciw heparynowych anty-PF4 dla określenia związku pomiędzy funkcją immunologiczną a produkcją przeciwciał ochronnych lub progresją zakażenia i jego powikłań zakrzepowych.
- ZADANIE 3. > Wdrożenie procedury sekwencjonowania genomu SARS CoV-2 z próbek, w których wykryto tylko fragmenty genomu wirusa (na przykład gen N) lub inne fragmenty genetyczne wirusa. Jest to kluczowe dla różnicowania aktywnych zakażeń SARS CoV-2 od zakażeń nieaktywnych, w których obecny jest wirus niereplikujący, wraz z bazą danych sekwencji SARS CoV-2.
- ZADANIE 4. > Implementacja procedur sekwencjonowania nowej generacji (NGS- next generation sequencing) celem pozyskania informacji do analiz filogenetycznych, które będą pozwalały na śledzenie dynamiki rozprzestrzeniania się wirusa i będą bezpośrednią podstawą do informowania o ogniskach zakażeń (clusters of transmission): szybka identyfikacja ognisk zakażenia, powiazań między nimi i szybka odpowiedź prewencyjna.
- ZADANIE 5. > Opracowanie systemu rozpoznawania przyczyn zapalenia płuc z zastosowaniem technologii sztucznej inteligencji. System zintegruje dane tomografii komputerowej, pozyskane dane molekularne PCR, serologiczne oraz sekwencję genetyczną wirusa dla optymalizacji procesów rozpoznawania.
Projekt „Opracowanie nowoczesnych technologii laboratoryjnych, informatycznych i bioinformatycznych dedykowanych diagnostyce i prewencji zakażeń SARS CoV-2" był wielozadaniowym projektem badawczo-rozwojowym łączącym nowoczesną diagnostykę laboratoryjną, molekularną, filogenetykę z badaniami metodą sieci neuronowych dla oceny zajęcia tkanki płucnej oraz wpływu badanych parametrów na ryzyko ciężkiego przebiegu COVID-19.
Epidemia SARS CoV-2, związana z wprowadzeniem całkowicie nowego czynnika wysoko zakaźnego do populacji ludzkiej istotnie zaburzyła model dotychczasowego funkcjonowania opieki zdrowotnej. Aktualnie perspektywy na prewencję szczepionką są wciąż odległe, a z drugiej strony tylko jeden lek posiada istotne działanie przeciwwirusowe. Z tego powodu optymalizacja diagnostyki laboratoryjnej, radiologicznej i wprowadzenie procedur prewencji jest kluczowa, gdyż z dużym prawdopodobieństwem liczba zakażeń będzie fluktuować z utrzymaniem istotnego zagrożenia epidemiologicznego związanego z wybuchem ognisk transmisji przez dłuższy czas. Aby odpowiedzieć na palącą potrzebę wdrożenia nowych metod diagnostyki i prewencji, opracowano wieloaspektowe podejście do zagadnienia z wdrożeniem nowoczesnych procedur molekularnych optymalizacji procedur diagnostyki serologicznej oraz implementacji technik sekwencjonowania, włączając wysoko innowacyjne w skali światowej sekwencjonowanie nowej generacji. Dane zostały integrowane z danymi radiologicznymi i algorytmem sztucznej inteligencji (AI) do automatycznego rozpoznawania zmian zapalnych o etiologii SARS CoV-2 w płucach, co pozwoliło na opracowanie bioinformatycznego narzędzia diagnostycznego a także zaawanowanych analiz bioinformatycznych i genetycznych.